E' un lago speciale, misterioso perché è costituito da due laghi diversi sovrapposti e prezioso perché questa particolarità lo rende un ecosistema unico.
Il lago superiore, a contatto con l'atmosfera, è un normale lago alpino alimentato dalle acque di scioglimento delle nevi. L'acqua scende su rocce granitiche ed è povera in sali minerali, quindi più leggera (acqua cristallina).
Lo strato inferiore del lago non riceve dal mondo esterno né acque né ossigeno ma è alimentato da sorgenti sottolacustri.
La Val Piora è attraversata nella sua lunghezza da una vena calcareo-dolomitica. Il Lago di Cadagno viene toccato da questa fascia nella sua parte Sud (verso il fiume Murinascia). L'acqua che attraversa la dolomia si arricchisce di sali minerali (zolfo, calcio, fosfati, ammonio, magnesio) ed entra nel lago da sorgenti sottolacustri (sorgenti solforose).