Das Besondere am Cadagnosee ist die ganzjährige permanente Schichtung zweier chemisch ganz verschiedener Wassermassen. Eine Übergangszone mit steilen physikalischen und chemischen Gradienten trennt die beiden Schichten, dies macht den See zu einen einmaligen Ökosystem.
Die obere Schicht ist in Kontakt mit der Atmosphäre und gleicht damit einem normalen Bergsee, welcher durch Oberflächenwasser aus der Schneeschmelze gespeist wird. Im Cadagnosee kommt der Hauptzufluss aus dem Lago di über die Granitfelsen im Norden; dieses Wasser ist arm an Mineralien.